Mnohí povstalci utekali nielen z bojiska, ale aj zo samotného povstania. Napr. v Handlovej 30. augusta sa rozutekalo domov asi 150- 200 vojakov, ktorí pochádzali z okolitých dedín. K tomu stačilo len to, že sa objavili nemecké lietadlá, ktoré ani nestrieľali, ani nebombardovali. Takisto v Topoľčanoch mnohí zo zmobilizovaných mužov zahodili zbrane a odišli domov, keď prezident Tiso v rozhlasovom prejave sa postavil proti povstaniu. Po boji pri Partizánskom 4. septembra hromadne utekali domov nielen povstalci z bojiska, ale aj dobrovoľníci z Prievidze po tom, ako do nej prišli dve nákladne autá s ranenými z tohto bojiska. 11. septembra počas presunu z Dolného Kubína na hornú Oravu proti nemeckému vojsku zbehlo domov asi 1 000 vojakov. Oravčania utekali domov od prvých dní povstania a do konca septembra sa vrátili domov takmer všetci z tých 5 000 mužov, čo boli zmobilizovaní na Orave.
K veľkej vlne zbehnutí došlo koncom októbra, počas nemeckého záverečného útoku proti povstaniu. Napr. z 2 500 mužov, ktorí 21. októbra pod velením J. Staneka začali ustupovať od Telgártu, do Podbrezovej 25. októbra prišlo len 200- 300. Ostatní v nociach počas presunu utiekli do horehronských dedín, odkiaľ pochádzali. Najviac ľudí utieklo z podskupiny A. Kordu, ktorá pozostávala z dvoch práporov a delostreleckého oddielu, čo zrejme bolo viac ako 1 000 vojakov. Na konci jej ústupu zo Zvolena do Starých Hôr 27. októbra ostal z nej len Korda a jeho sluha. Celkove do konca organizovaného boja povstaleckej armády zbehlo z nej aspoň 10 000 vojakov. Je namieste porovnanie s dezerciou zo Slovenskej armády počas jej nasadenie v Sovietskom zväze, čo sa niekedy uvádzalo ako dôkaz jej rozkladu a nespoľahlivosti: z asi 100 000 vojakov zbehlo menej ako 700.
Ešte viac vojakov sa vrátilo domov po porážke povstania, keď sa skončilo donucovanie k účasti v ňom. Celkove z povstaleckej armády sa vrátilo domov asi 90 % z tých, čo nepadli, neboli v nemocniciach alebo neboli zajatí nemeckým vojskom. Do hôr sa uchýlilo len asi 4 000 jej príslušníkov, aj to zväčša nie preto, aby bojovali, ale preto, lebo sa nachádzali príliš ďaleko od svojho domova, aby sa mohli doň vrátiť, prípadne mali obavu pred nemeckými represáliami. Podobne sa vrátili domov tisícky partizánov, no len menšina z nich. Aj tu dôležitým činiteľom v otázke návratu predstavovala vzdialenosť od domova, zrejme i väčšia obava z možných nemeckých represálií. Tisíce z nich sa ani nemali kam vrátiť. Boli to cudzí štátni príslušníci a Židia, ktorí medzi partizánmi mali výrazné zastúpenie.
Po porážke povstania partizánov mal riadiť Hlavný štáb partizánskeho hnutia v Československu. Ten vo svojom rozkaze z 8. decembra situáciu hodnotil takto: „V mnohých dolinách, horách a lesoch sa nachádza značné množstvo rozptýlených oddielov a skupín partizánov, vojakov a dôstojníkov československej armády. Väčšina z nich neodhodila zbrane, ale ani neprejavuje nijakú činnosť. Jednoducho prečkáva v očakávaní príchodu Červenej (t. j. sovietskej) armády. Druhá ich časť, ktorá sa vyhlasuje za partizánov, drancuje obyvateľstvo.“ Partizánska aktivita v tomto období síce úplne neustala, no bola už výrazne slabšia, ako počas povstania.
O boj veľký záujem neprejavili ani jeho podnecovatelia z politického vedenia povstania: Slovenskej národnej rady, najmä z jej vrcholového orgánu- predsedníctva. Kým okamžite po jej ustanovení na povstaleckom území 1. septembra v jej deklarácii volali „celý národ do zbrane a do boja proti našim odvekým nepriateľom“, po porážke povstania tak neurobil ani jeden z členov jej predsedníctva. Ako keby sa necítili byť členmi slovenského národa. Nechceli bojovať a umierať za svoje nenárodné záujmy, na to chceli využiť iných. Miesto boja sa skrývali: Ertl na Donovaloch, Husák v Žemberovciach, Lettrich pri Štiavniku, Styk na Liptove, Šmidke hlavne v Bratislave. Ďalších troch členov predsedníctva SNR vyslala ako svojich zástupcov do zahraničia. Z 50 členov SNR k partizánskym oddielom sa pridalo len asi 10. Je však otázka, nakoľko sa zúčastnili bojov, pretože nikto z nich nepadol, ani nie je známe, že by bol v nich ranený.